Innen wirkt die Kirche durch ihre Schlichtheit, Helligkeit und Hinführung auf den Altarraum. Als Schmuck und zusätzliche Lichtquelle wurde bei der letzten Renovierung 2012 ein rundes Fenster über der in der Mitte platzierten Altarkanzel eingebaut. Seitdem hat die Kirche auch wieder ihre ursprünglich helle, mit dem Denkmalschutz abgestimmte Farbgebung. Die Bibelsprüche auf der Altarwand waren bereits 1960 übermalt worden.

Zum Altar unter der Kanzel führen einige Stufen; er ist ebenso wie der Taufstein aus Sandstein. Das Bronzekreuz mit Bergkristall und der Osterkerzenständer stammen aus den 1960er Jahren.

Erneuert wurden 2012 auch die Stühle. Sie sind aus hellem Holz. Besonders ist, dass ihre flachen Kissen auf einer Seite grau, auf der anderen Seite farbig sind. Je nach Kirchenjahr können die Kissen umgedreht werden – einige beispielsweise in der liturgischen Farbe violett in der Fastenzeit vor Ostern.

Die große Orgel auf der Empore wurde 1963 zuletzt von Eisenbarth/Passau renoviert und hat seitdem 21 Register. Im Frühjahr 2025 wird sie generalüberholt von Förster & Nikolaus. Die Kirche ist für ihre gute Akustik bekannt. Immer wieder finden dort Konzerte statt.

Im Garten rund um die Nazarethkirche steht ein Kirschbaum. Er erinnert daran, dass Eckenheim lange ein Bauern- und Gärtnerdorf war. Angeblich soll sogar Johann Wolfgang von Goethe dort gerne Kirschen gegessen haben. Die Nazarethkirche wurde aber erst 30 Jahre nach dessen Tod, am 15. November 1863, eingeweiht. Eine eigenständige Eckenheimer Gemeinde entstand sogar erst 1895, vorher gehörten die Eckenheimer Christinnen und Christen pfarramtlich zu Preungesheim.

Die Nazarethkirche steht unter Denkmalschutz. Es ist eine schlichte Saalkirche aus Backsteinen mit Kanzelaltar und Empore, entworfen von Georg Maurer, Landbaumeister zu Hanau. Er legte Wert darauf, dass die Steine aus Eckenheimer Ziegeleien stammten. Seine Kirche ist auf jeder Seite von vier großen Rundbogenfenstern mit verschiedenfarbigem Rautenmuster gegliedert. Die marode Metalleinfassung der Rauten wird im Frühjahr 2025 erneuert. Im Kirchturm befinden sich zwei Glocken von 1950.

Im Garten steht nicht nur der Kirschbaum, sondern auch ein Kriegerdenkmal von 1870/71. Zur Hälfte gehört der Garten der Stadt Frankfurt, wird aber insgesamt von der Gemeinde genutzt.