Die Reformation in Offenbach hat sich anders entwickelt als beim großen Nachbarn Frankfurt. Das war der Stadtpolitik geschuldet: Frankfurt als Freie Reichsstadt konnte freier entscheiden als Offenbach, das zu einem gräflichen Besitz zählte. Der Spruch „cuius regio, eius religio“ – „wessen Herrschaft, dessen Glaube“ – lässt sich am Beispiel der Stadt am Main gut verfolgen. Nach der Konfession des Herrschers hatte sich die Konfession der Untertanen zu richten. So viel Wert der Protestantismus auch auf das individuelle Gewissen legte, bei dieser Frage gab es keine Entscheidungsmöglichkeit für die Untertanen. Und so wechselte in Offenbach das Bekenntnis im Laufe der Zeit gleich mehrfach.

Offenbach ist aber auch ein Beispiel für eine extrem heterogene Entwicklung: Die Kernstadt sowie der spätere Stadtteil Rumpenheim waren protestantisch geprägt, während in den späteren Stadtteilen Bieber und Bürgel der katholische Glaube vorherrschte. Zugleich zeigt das Beispiel Offenbachs aber auch, dass eine gräfliche Stadt durchaus tolerant sein konnte und dadurch zu Wohlstand kam: Die Juden lebten nicht in einem Ghetto, sondern in gewöhnlichen Straßenzügen der neu erbauten Straßen (der heutigen Innenstadt), der Druck in hebräischen Lettern verschaffte dem Buchdruck Aufschwung und die französischen Glaubensflüchtlinge brachten moderne Handwerkstechniken mit, wodurch die Wirtschaft aufblühte.

Ein Problem für die Darstellung der historischen Entwicklung des Protestantismus in der Stadt stellt die Quellenlage dar, ein Großteil der Kirchenbücher, der Akten und Urkunden sind bei der Bombardierung Offenbachs und Darmstadts im Zweiten Weltkrieg unwiederbringlich vernichtet worden. Und so bleiben gerade die Anfänge des Protestantismus im Ungefähren. In verschiedenen Publikationen wurde die Ernennung des Pfarrers Johann Müller oder Johannes Müllner durch Graf Reinhard von Isenburg (damals Ysenburg) Ende 1542 als Beginn der Reformation beschrieben – allerdings wurde schon zu Beginn des 20. Jahrhunderts, als die Quellenlage noch eine bessere war, darauf hingewiesen, dass die Stellenbesetzung durch den Grafen kaum zu belegen sei und wohl vom katholischen Petersstift in Mainz ausging, was sich nur schlecht mit einer protestantischen Ausrichtung des Pfarrers vereinbaren ließe. Da aber im nahen Rumpenheim, das vier Jahrhunderte später zu einem Offenbacher Stadtteil werden soll, bereits 1538 der dortige Pfarrer sein Zölibat aufgab und heiratete, darf angenommen werden, dass reformatorische Ideen in der Stadt bekannt waren. Zudem ist belegt, dass Graf Reinhard zu Isenburg der Reformation nahe stand und 1544 eine isenburgische Kirchenordnung erließ.

Bleiben die Anfänge um 1542 auch im Dunkeln, knapp zehn Jahre später lässt sich die Situation genauer beschreiben. Ab 1556 sind die isenburgischen Grafen offiziell für die Besetzung der Pfarrstellen zuständig, Graf Reinhard, der seine Residenz nach Offenbach verlegte, bestellt einen Lutheraner zum Hofprediger. Offenbach war also lutherisch, ebenso wie das zu einer anderen Grafschaft gehörende Rumpenheim. Knapp vier Jahrzehnte später soll sich die Lage jedoch ändern, als 1596 Graf Wolfgang Ernst I. von Isenburg seine Regentschaft antritt. Dieser hatte während seines Studiums in Straßburg die calvinistische Auslegung kennengelernt und nun entschließt er sich zum Konfessionswechsel. Von nun an gilt statt des lutherischen Bekenntnisses das reformatorische in seinem Herrschaftsgebiet – und die Untertanen haben es ihrem Herrn nachzutun und müssen die Konfession wechseln. Wer am lutherischen Bekenntnis festhält, wird ausgewiesen. Der lutherische Pfarrer erhält seinen Abschied, ein reformatorischer wird eingesetzt. Bemerkenswert aber ist, dass diesen Wechsel nicht alle Offenbacher mittragen wollten und dem Einführungsgottesdienst des neuen Pfarrers Anton Praetorius fernblieben. Erst ein gutes Jahr später kehrt Ruhe ein – als mit Johannes Noviomagus ein neuer – natürlich reformatorischer – Pfarrer seine Stelle antritt.

Auch in Rumpenheim wechselt 1596 die Konfession, auch hier müssen die Untertanen auf Anweisung ihres Landesherrn vom lutherischen zum reformatorischen Bekenntnis wechseln. Der dortige lutherische Pfarrer Vincentius Koch lässt jedoch mehr Pragmatismus als sein Offenbacher Amtsbruder walten, entschließt sich zum Konfessionswechsel und kann so seine Stelle behalten.